Munkácsy Mihály síremléke Budapesten a Kerepesi temetőben található.
Fiatal korában szifiliszt kapott, ami az 1880-as évektől kezdődően előbb tábesszé, majd paralízissé fejlődött; halála előtt elhatalmasodott rajta az elmebaj, és hosszú szenvedés után 1900. május 1-jén hunyt el. Halálát követően nem sokkal, a 19. század szörnyű betegsége, a treponema pallidum pallidum baktérium által okozott, nemi úton terjedő betegség, a vérbaj, gyógyíthatóvá vált.
„ Munkácsy utolsó napjaiban elég jól érezte magát a gyógyintézetben és senki sem gondolta, hogy a végső órák már oly közel vannak. Május elsején a beteg állapota hirtelen roszabbra fordult, úgy hogy az orvos, dr. Helm, táviratban hivta Munkácsynét férjéhez. Munkácsyné sietve utazott Endenichbe, s délelőtt tizenegy órakor érkezett. A beteg ekkor már ágyba kívánkozott, lefeküdt, neje felé fordult megszorította kezét és mondani akart neki valamit, de nem tudta magát kifejezni. Zavarodott tekintettel nézett feleségére és az orvosra. «Ezek utolsó perczei», szólt meghatva az orvos. Csakhamar meg is kezdődött a halálküzdelem, mely azonban csak néhány perczig tartott. Déli egy órakor Munkácsy Mihály csendesen elszenderedett s elaludt örökre. ” – Vasárnapi Ujság 1900. 19. szám
Halála hírére gyászolt az egész ország, az országgyűlés és a főváros, amelynek díszpolgára volt. A király a kabinetiroda utján részvétét fejezte ki. Mig itthon országos bizottság vezetésével készültek a temetésre, Zsilinszky államtitkár Bonnban intézkedett a holttest hazaszállítása iránt.
Május 5-én délelőtt 10 óra 25 perckor indult el a vonat a holttesttel, külön engedéllyel gyorsvonathoz csatolt kocsiban.
Bonnból Budapestig, természetesen személykocsiban az özvegy, Munkácsy Emil, a festő öccse, Munkácsy Sándor mérnök, Alexis Brassours ügyvéd, Munkácsyné rokona, Zsilinszky államtitkár és Odenthal Antal, Munkácsy kedvenc komornyikja kísérte a koporsót.
